La zona compresa fra i monti Vaticani ed il Tevere non fu inserita nelle XIV regioni augustee, ma conservò a lungo connotati suburbani, gravitando su importanti assi viari lungo i quali si disponevano ville aristocratiche, come quella di Agrippina, presto inglobate nelle proprietà imperiali e soprattutto notevoli mausolei sepolcrali. Gli scavi effettuati sotto la basilica di S. Pietro hanno rilevato la presenza di una vasta necropoli, il cui inizio sembra potersi datare già nel II secolo. I mausolei sono disposti su due file parallele con orientamento est-ovest; la fila settentrionale è più antica ed in essa il rito dell’inumazione coesiste con quello dell’incinerazione, mentre nella fila meridionale prevale l’inumazione. Nei mausolei, appartenuti a ricchi liberti, forte è il contrasto fra la semplicità dell’esterno, in semplice laterizio con facciata in cotto, e la sontuosità dell’interno, con abbondante impiego di decorazioni a stucco, pittura e mosaici, e arricchito da magnifici sarcofagi. Tra le decorazioni, spiccano quelle del Mausoleo dei Giulii della fine del II o dell’inizio del III secolo, ispirate al simbolismo cristiano: su una parete si scorge Giona in mare tra le fauci della balena, mentre sulla volta Cristo è assimilato al Sole in corsa sul suo carro. Le tombe cristiane furono poste di preferenza nel settore occidentale, dove si formò una piazzola chiusa su tre lati da mausolei costruiti tra il I ed il IV secolo intorno a quella che è stata identificata come la tomba di S. Pietro. Le indagini hanno permesso di appurare che sulla semplice fossa originaria fu nel II secolo costruito un monumento, il cd. Trofeo di Gaio, costituito da una edicola con due colonne resa accessibile da due scale. Un graffito rinvenuto sul muro posteriore con il nome del santo conferma l’attribuzione del sepolcro all’apostolo. Il luogo fu sempre oggetto di culto da parte dei fedeli, e fu costante la cura rivolta al suo abbellimento, come testimonia l’uso del marmo e del mosaico, anche nella pavimentazione della piazzola antistante. Nel IV secolo la basilica in onore del santo voluta da Costantino e costruita proprio intorno alla tomba, che costituì il centro del presbiterio e che rimase visibile ai fedeli, e per la sua realizzazione fu necessaria una vasta opera di terrazzamento. La basilica costantiniana, di metri 85 x 64, era a cinque navate separate da colonne ed era dotata di transetto, al centro del quale una base in marmo indicava la tomba. Sopra vi fu eretta un’edicola che sosteneva a sua volta un baldacchino, anch’esso in marmo, con quattro colonne tortili, mentre il grande abside era decorato da un prezioso mosaico. Non vi era altare, dato che la basilica aveva in origine solo funzione funeraria. Nel VI secolo fu rialzato il pavimento della basilica e il sepolcro fu reso accessibile da due rampe di scale che scendevano giù fino al corridoio semianulare della cripta. La basilica conservò quasi intatto l’aspetto paleocristiano fino alla ricostruzione di papa Nicolò V nel XV secolo.