I sotterranei di S. Crisogno conservano le vestigia di uno dei più antichi tituli sorti nel quartiere di Trastevere, insieme al titulus Callisti ed al titulus Ceaciliae. Ma cosa era un titulus? La Chiesa in origine non aveva facoltà giuridica di possesso, e quindi le riunioni dei primi cristiani si svolgevano in case private che venivano messe a disposizione dei fedeli da parte dei proprietari, cristiani anch’essi. Queste ecclesiae domesticae erano contrassegnate all’esterno da una tabella, il titulus appunto, che riportava il nome del proprietario. Da qui il significato passò ad indicare lo stesso luogo di riunione. La disposizione degli ambienti tipica delle case romane infatti, si adattava perfettamente allo svolgimento dei riti cristiani, nonché a funzioni di magazzino ed accoglienza dei fedeli. Il titulus Crisogoni nacque infatti sfruttando ben due (e forse tre) domus romane di II e III secolo, prima di assumere la consueta pianta basilicale nel V secolo.
Crisogono è da identificare con il martire, originario di Aquileia, portato a Roma in catene sotto l’imperatore Diocleziano tra il 304 ed il 305. La prima menzione della chiesa risale al 499, quando è ricordata in occasione del Concilio indetto da papa Simmaco. Nel 1123 la costruzione della nuova basilica voluta dal card. Giovanni Crema, braccio destro di Callisto II, ad un livello superiore, rese necessario l’occultamento dei vani inferiori e l’abbandono definitivo degli ambienti antichi.
La scoperta della basilica paleocristiana avvenne nel 1908 durante una campagna di scavi per conto del Ministero di Belle Arti, sebbene fosse già nota l’esistenza di resti antichi sotto il livello moderno. Con i primi scavi venne alla luce la schola cantorum, il recinto presbiteriale, la confessione e la cripta semianulare con resti di pitture di santi. Lo scavo proseguì quindi nell’aula basilicale e nei due ambienti laterali all’abside. Purtroppo la presenza delle fondazioni della chiesa superiore, che occupano ancor oggi parte della superficie della grande aula, impedirono lo sgombero completo dell’edificio.
Si scende nei sotterranei dalla sacrestia della chiesa attuale tramite una scala moderna: già dall’alto è possibile avere una visione chiara della curva dell’abside. La pianta dell’edificio è nota in quasi tutti i suoi particolari: si tratta di una basilica paleocristiana ad un’unica navata (anche se i muri posteriori tagliano in due l’aula, sfalsandone la percezione spaziale) dotata di portico che si distingue dagli altri esempi romani per la presenza, ai lati dell’abside, di due ambienti con funzione di battistero e secretarium. Tre arcate laterali costituivano l’entrata, mentre il lato di fondo era chiuso dalla facciata di una domus romana di III secolo (ancora in parte ben conservata).
Il presbiterio fu in seguito rialzato con tre gradini per creare la cripta con la finestrella confessionis (attraverso la quale i fedeli venivano a contatto con le reliquie), accessibile da un corridoio semianulare che costeggiava la curva dell’abside. Il braccio rettilineo della confessione conserva ancora alcune pitture relative alle opere di restauro volute da papa Gregorio III (731-741), l’immagine a grandezza quasi naturale dei tre santi Rufo, Crisogono e Anastasia. Il corridoio aveva soffitto piano con lastre di marmo, ora scomparse, ma le cui tracce sono rimaste sul muro. La parete superiore dell’abside è decorata dall’alternanza di dischi imitanti marmi colorati entro losanghe, dischi su corazze incrociate e dischi a cerchi concentrici, dell’età di Gregorio III.
A destra dell’abside è la sacrestia, con pavimento a tessere marmoree con disegno a fioroni (ne rimangono alcuni lacerti), in seguito utilizzata come luogo di sepoltura: rimane in situ un bel sarcofago marmoreo di II secolo e varie forme per deposizioni.
Dalla parte opposta dell’abside è un altro ambiente, di dimensioni maggiori del precedente, identificato da alcuni come battistero. In origine questa stanza era probabilmente una fullonica con ingresso indipendente da via di S. Gallicano, e sulla parete di fondo è visibile ancora la sagoma  ad arco della porta, chiusa quando si decise di consentire l’accesso dall’interno della chiesa. Al centro del vano era la vasca circolare per le abluzioni: in età medievale la vasca fu dimezzata con l’inserimento di un tramezzo al centro di essa, che sottrasse all’uso circa la metà della sala. Sulla parete medievale restano tracce di stemmi gentilizi dipinti. Tra questa sala e l’aula principale era un piccolo corridoio, con una porta che conduceva all’esterno: sulle pareti, grandi dischi dipinti con al centro motivi floreali.
La grande aula basilicale non aveva partizioni interne: sul lato destro si conservano alcune pitture del X secolo con storie di S. Benedetto e sul lato opposto figure di santi. La funzione cimiteriale della basilica è testimoniata dal rinvenimento di sarcofagi marmorei e di terracotta, nonché dalle lastre tombali che rivestivano il pavimento.
La visita ai sotterranei di S. Crisogono è essenziale per conoscere i tesori della Roma sotterranea: la stratificazione archeologica e la pratica del riuso di monumenti antichi per scopi diversi da quelli originari trova qui uno dei migliori esempi, per non parlare della suggestione che coglie il visitatore che varca la soglia del tempo.