Il mitreo di S. Prisca è un meraviglioso santuario ipogeo dedicato al culto del dio Mitra, divinità orientale identificata col Sole, il cui culto ebbe ampia diffusione nel mondo romano. Questo culto era officiato in templi sotterranei, i mitrei appunto, generalmente di piccole dimensioni adatti ad ospitare un numero di fedeli limitato. Si trattava di una religione iniziatica nella quale il fedele doveva affrontare una serie di prove prima di essere immesso nella comunità e sottoporsi a riti di purificazione. I misteri di Mitra (così chiamati per la segretezza che avvolgeva il rito) comprendevano sette gradi di iniziazione che venivano celebrati da un sacerdote, il Pater Patrum, ed un banchetto mistico che si svolgeva alla presenza della figura del dio. La parte centrale del culto era costituito dall’immolazione del toro da parte di Mitra, attraverso il cui gesto si garantiva la salvezza degli adepti.
Il mitreo di S. Prisca è organizzato in modo tale da permettere lo svolgimento di tutte le parti del rito. Vi si accede tramite una scala posta sul lato destro della chiesa di S. Prisca e si giunge al santuario attraverso una serie di ambienti appartenenti alle fasi antiche della chiesa. Questa sorge infatti sui resti di un antico complesso comprendente una casa del I secolo con quadriportico, un ninfeo absidato e un edificio a due navate identificato con il titulus originario.
Il santuario vero e proprio è preceduto da un vestibolo dotato di un pozzetto sul quale venivano uccisi animali di piccole dimensioni che servivano al pasto sacro. L’ingresso al santuario è sottolineato dalle due nicchie frontali che ospitavano le statue di Cautes e Cautopates, simboli rispettivamente dell’aurora e del tramonto (solo Cautes è conservato). Il santuario è costituito da una sala rettangolare allungata con pitture alle pareti con processione di iniziati e banconi sui lati per i banchetti mentre il fondo è occupato da una nicchia intonacata con pietra pomice con la rappresentazione di Mitra che uccide il toro e sotto, una figura semisdraiata di Saturno. Dietro questa sala era l’Apparatorium, una sorta di sacrestia. Altri ambienti si aprivano sui lati: il Caelus, ove si svolgevano le cerimonie relative alla purificazione e al battesimo dell’iniziato, con tracce di affresco raffigurante i sette cerchi concentrici coni sette segni zodiacali, e la sala destinata alle iniziazioni.